In Paris there are more than 70 museums. We recommed you to take the museum pass which will give full access for 2 or more days to most of parisian museums.

Here is the list of the most important museums in Paris. Our recommendation is to visit at least Louvre and Orsay museum !
Louvre Museum	Musée d'Orsay	Grand Palais	Musée du Luxembourg	Musée de l'Armée
Musée Picasso	Musée Rodin	Musée du Montparnasse	Centre Georges Pompidou	Musée de Cluny
Musée Marmottan Monet	Carnavalet museum	Branly museum	Guimet museum	Natural history museum
Musée des Arts Décoratifs	Musée national de la Marine	Musée de la Musique	Science museum	Air and space museum

 List of other museums you may find useful to visit:

Maison de l'Amérique Latine   » Website : http://www.mal217.org
Maison Européenne de la Photographie  » Website : http://www.mep-fr.org
Maison de Victor Hugo  » Website : http://www.paris-France.org/musees/maison_de_victor_hugo
Musée d'Arts d'Afrique et d'Océanie  » Website : http://www.musee-afriqueoceanie.fr
Musée des Arts et Métiers   » Website : http://www.cnam.fr/museum
Musée Bouchard  » Website : http://www.musee-bouchard.com
Musée Bourdelle  » Website : http://www.paris-France.org/musees/bourdelle
Musée Carnavalet  » Website : http://www.carnavalet.paris.fr
Musée Delacroix  » Website : http://www.musee-delacroix.f
Musée Dapper  » Website : http://www.dapper.com.fr
Musée Galliera  » Website : http://www.paris-France.org/musees/musee_galliera
Musée Guimet  » Website : http://www.museeguimet.fr
Musée du Grand Palais  » Website : http://www.rmn.fr/galeriesnationalesdugrandpalais
Musée Jacquemart-André  » Website : http://www.musee-jacquemart-andre.com
Musée du Jeu de Paume  » Website : http://www.jeudepaume.org
Musée du Louvre  » Website : http://www.louvre.fr
Musée du Luxembourg  » Website : http://www.museeduluxembourg.fr
Musée Maillol  » Website : http://www.museemaillol.com
Musée de la Marine  » Website : www.musee-marine.fr
Musée Marmottan Claude Monet  » Website : http://www.marmottan.com
Musée de Montmartre  » Website : http://www.museedemontmartre.fr
Musée National des Arts d'Afrique et d'Océanie   » Website : http://www.musee-afriqueoceanie.fr
Musée National des Arts Asiatiques - Guimet   » Website : http://www.museeguimet.fr
Musée National du Moyen Age  » Website : http://www.musee-moyenage.fr
Musée d'Orsay  » Website : http://www.musee-orsay.fr
Musée Picasso  » Website : http://www.musee-picasso.fr
Musée de la Poste   » Website : http://www.laposte.fr/musee
Musées de la ville de Paris  » Website : http://www.paris-France.org/musees
Musée de la Publicité   » Website : http://www.museedelapub.org
Musée Rodin  » Website : http://www.musee-rodin.fr
Palais de la Découverte   » Website : http://www.palais-decouverte.fr/
Palais de Tokyo  » Website : http://www.palaisdetokyo.com
Pavillon de l'Arsenal  » Website : http://www.pavillon-arsenal.com
Réunion des Musées nationaux  » Website : http://www.museesdefrance.com
Tour Jean sans Peur  » Website : http://www.tourjeansanspeur.com